Le massif cantalien est un réservoir d’espèces à l’échelon de la France et abrite de nombreuses espèces protégées qui sont en nette diminution de leurs effectifs sur le territoire français. Les populations des espèces présentes dans les milieux naturels du Cantal se maintiendront en fonction de 3 caractéristiques cruciales : leurs effectifs , leur diversité génétique et les échanges de gène par reproduction avec d’autres populations de la même espèce.

Pour cette raison, les habitats des espèces doivent être protégés et les espèces pouvoir circuler d’un site de population à l’autre, grâce au réseau de la trame verte et bleu.

Des sites prioritaires sont désignés à l'échelon européen par le zonage Natura 2000, d'autres sont réglementés par des arrêtés préfectoraux. Les incidences des activités humaines peuvent être importantes au regard des enjeux actuels et sont évaluées pour cette raison au stade du projet.