L'impact des retenues d'eau sur le cours d'eau

Les barrages et seuils successifs créent des obstacles infranchissables aux espèces piscicoles ou réduisent significativement leurs déplacements. Ils sont responsables de la rupture de la continuité écologique. Hormis les poissons migrateurs qui n’ont plus accès aux lieux de reproduction en tête de bassin versant, les autres espèces se retrouvent cloisonnées dans des secteurs sans contact entre elles, avec pour conséquence un brassage génétique réduit. Or la fragmentation des populations est l’une des principales causes d’érosion de la biodiversité.

L'impact sur les poissons migrateurs

Pour les poissons migrateurs : Saumon, Anguille, l'impact est plus ou moins total selon la nature et la densité des seuils. Avant la seconde guerre mondiale, les seuils étaient ouverts régulièrement et de façon prolongée aux périodes de migrations importantes de poissons. A titre d'exemple 12 000 seuils existent dans le bassin Loire-Bretagne dont 60% n'ont plus d'usage et restent fermés en permanence.
Au moins une centaine de passes à poissons n'ont pas d'effet positif sur les migrations faute d'entretien. De plus, les chûtes d'eau ont été rehaussées et les profils des déversoirs ont évolué au détriment de la remontée des poissons.

La modification de l’habitat des espèces

En amont d’un seuil, ou dans une retenue d’eau, la vitesse d’écoulement ralentit et la hauteur d’eau s’élève avec les conséquences suivantes :

• dépôt de sédiments fins
• réchauffement de l’eau
• baisse de la quantité d'oxygène dissous dans l’eau
• augmentation de l’évaporation

Beaucoup d’espèces aquatiques sont sensibles à ces paramètres et peuvent disparaître localement, notamment les espèces protégées : Moule perlière, Ecrevisse à pieds blancs, poissons des eaux froides. La Truite fario (espèce indigène caractéristique des cours d'eau du Cantal) supporte mal une température d'eau supérieure à 19°C alors que la température de l'eau en période caniculaire peut largement dépasser cette valeur dans les plans d'eau en amont des seuils. Ce constat invalide l'argument que ces plans d'eau constituent des zones de refuge en situation de sécheresse. Le colmatage des fonds graveleux par les sédiments fins détruit les zones de frayères et en supprimant la circulation de l’eau entre les graviers empêche l’approvisionnement en oxygène des larves et jeunes qui vivent sur le fond.

L’érosion sédimentaire

Avec une pente forte et des débits élevés, les rivières montagnardes dépensent une énergie importante dans le transport des sédiments lourds.
Les matériaux solides (galets, graviers, sables) autrefois emportés par les crues sont bloqués et manquent à l’aval. En quête d’équilibre sédimentaire, la rivière se recharge en matériaux après le passage de l’ouvrage, en érodant son lit et les berges parfois de plusieurs mètres.

La prolifération des algues

Dans les eaux de qualité moyenne, le ralentissement du courant et le réchauffement de l’eau favorise le développement des algues unicellulaires à partir des stocks de phosphore et d’azote piégés dans les sédiments. Ce phénomène peut provoquer une pollution subite qui pénalise les usages de loisirs et la consommation de l’eau.