La flore montagnarde
La diversité des milieux naturels et leur bon état général dans le Cantal créent des conditions propices à la reproduction et au développement de nombreuses espèces devenues rares par dégradation des habitats dans les autres régions de France. Le réseau dense des sources et des zones humides et l'excellente qualité de l'eau sont déterminants pour la présence de nombreuses espèces patrimoniales du Cantal.
Les espèces apparues à l'Ere glaciaire
La Ligulaire de Sibérie, le Saule des Lapons, le Bouleau nain ont survécu dans les stations humides et froides des Monts du Cantal et sont recensés principalement en France dans les sommets et plateaux d'altitude du Massif Central. Ces espèces rares ont le statut de protection sur le territoire national selon l' arrêté du 20 janvier 1982 fixant la liste des espèces végétales protégées nationalement.
La Ligulaire de Sibérie est en outre inscrite aux annexes II et IV de la Directive Cadre Européenne Habitat-Faune-Flore. Elle se rencontre en sol issu de roche cristalline ou basaltique, en situation de pH légèrement acide à neutre et requiert un éclairement variable (pleine lumière à ombre modérée). Plusieurs sites Natura 2000 l'hébergent : ZSC Aubrac, ZSC Artense, ZSC Tourbières du Nord-Est du Massif cantalien, ZSC zones humides de la planèze de St Flour, ZSC zones humides Riom-es-Montagne, ZSC Cézallier, ZSC Massif Cantalien
Les espèces aquatiques
L'l'Hypne brillante, les Isoètes et le Fluteau nageant ont le statut d'espèce protégée nationalement selon l' arrêté du 20 janvier 1982 et sont inscrites aux annexes II et IV de la Directive Cadre Européenne Habitat-Faune-Flore .
L'Hypne brillante est une mousse qui se développe dans des espaces de marais et tourbières plutôt dénudés présentant une fine lame d’eau. Elle peut s'installer dans des systèmes tourbeux pâturés très extensivement ou des fourrés de carex. Elle est présente dans le site Natura 2000 : ZSC Artense.
Le Fluteau nageant fait l'objet d'un plan national d'actions pour sa conservation. Il vit dans les eaux dormantes et oligotrophes des zones humides d'altitude et a été répertorié en particulier dans les zones de conservation spéciale Natura 2000 : ZSC Aubrac, ZSC Artense, ZSC Tourbières du Nord-Est du Massif cantalien, ZSC zones humides de la planèze de St Flour, ZSC zones humides Riom-es-Montagne.
Dans les tourbières, sont présents en particulier les Lycopodes, les Rossolis et Grassettes (plantes carnivores), les Canneberges, l'Andromède, la Spiranthe d'été.
Des espèces protégées régionalement par l' arrêté du 30 mars 1990 relatif à la liste des espèces végétales protégées en région Auvergne complétant la liste nationale, prospèrent aussi dans les zones humides : les Airelles, l'Epipactis des marais, le Comaret, etc.
Les espèces des crêtes et des estives
Des espèces de milieu alpin et plusieurs espèces endémiques d'Auvergne sont protégées régionalement par l' arrêté du 30 mars 1990 relatif à la liste des espèces végétales protégées en région Auvergne complétant la liste nationale. Des photos et des informations sur ces plantes sont disponibles dans l'inventaire national du patrimoine ( INPN).
Dans les les prairies d'altitude, se développent l'Anémone soufrée et l'Anémone printanière, l'Orchis vanille, l'Epervière orangée, la Jasione d'Auvergne, la Lunetière d' Auvergne, la Pédiculaire verticillée, l'Epervière orangée, etc.
D'autres espèces sont adaptées aux milieux rocheux et colonisent les éboulis, les falaises difficilement accessibles ce qui contribue à leur préservation. Divers Saxifrages, la Bartsie des Alpes, la Joubarbe d'Auvergne, la Potentille des rochers, etc. en font partie.
Les espèces des forêts anciennes
Plusieurs espèces protégées régionalement par l' arrêté du 30 mars 1990 relatif à la liste des espèces végétales protégées en région Auvergne complétant la liste nationale, se développent en sous-bois ou en clairière dans les forêts anciennesoù les milieux sont stables depuis des centaines d'années.
Parmi elles, le Lys Martagon, le Pavot du Pays de Galle, la grande Astrance, l'Hellébore verte, des orchidées : les Céphalanthères, la Racine de corail, etc. Elles se propagent avec lenteur sur de faibles distances, dans la mesure où le transport des graines est assuré par les fourmis forestières. Les colonies issues de la dissémination s'établissent notamment dans les hêtraies atlantico-montagnardes, et les ripisylves d'Aulnes et de Frênes, qui constituent des habitats remarquables.
Des petites mousses rares telles que la Buxbaumie verte (sur bois pourrissant de conifères), l'Orthotric de Roger ( sur tronc et branches de feuillus) ont le statut d'espèces protégées nationalement selon l' arrêté du 20 janvier 1982 et sont inscrites aux annexes II et IV de la Directive Cadre Habitat-Faune-Flore. Elles se développent dans quelques hêtraiessapinières du Cantal. Certaines de ces forêts sont classée en Zonage Natura 2000 : ZSC Massif Cantalien, ZSC Sommets de la Margeride Nord, ZSC Tourbières de l'Artense, ZSC Gorges de la Rhue.